Az építés 1978-ban kezdődött. A munkálatok során környezetvédelmi mozgalmak szerveződtek az építkezés természetkárosító hatásairól, így a magyar kormány 1989-ben a dunakiliti duzzasztómű építésének leállításáról döntött. A szlovák fél azonban 1992-ben Dunacsúnynál megépítette a dunakiliti duzzasztómű szerepét helyettesítő létesítményt, és elterelte a Dunát. Ez az intézkedés a Szigetköz vízi világát a szlovákiai helyzettől tette függővé. Ezt enyhítendő 1995-ben a dunakiliti duzzasztómű mellett kialakítottak egy fenékküszöböt. A torzóban maradt duzzasztóműn átívelő híd maradandó látványt tár a turisták elé.
